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ゲーム開始直後にインターミッションがあります。
最初から改造パーツがかなり用意されています（第１部＋第２部からの持ち越し？）。
レベルは引き継がれない。
引継ぎをしないと資金が１００００００用意されますが、強化パーツがかなり貧弱です。
マジンガー系とガンダム系は宇宙に打ち上げたユニットの方が強いので改造は程ほどにしておくのが無難。
第１部・第２部での展開によりステージ構成にかなり影響があると思われる。（第１話のプルとか、マジンガーチーム・グレートチームとか）
第１話 ディラド突入
☆概要☆
アインスト系との戦闘
☆イベント☆
ダンクーガ（忍）、百式（クワトロ）、ＺＺガンダム（ジュドー）、Ｚガンダム（ルー）、ガンダムＭｋⅡ（エル）、ドーベンウルフｏｒキュベレイＭｋーⅡ（プルｏｒプルツー）強制出撃
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左上に敵増援。
４ターン目開始時、フィールド右にガンドール隊到着。アルトアイゼン（キョウスケ）強制出撃。
☆アドバイス☆
弱いエルが狙われまくるので逃げ回らせる（クワトロも狙われるが強いので問題なし）。
かなり強いダンクーガを「鉄壁」「必中」かけて敵中にほうりこむと楽。ただしタンクーガのＨＰが第２部からかなり強化されているので他ユニットが狙われないように十分に間を取ること。
第Ａ話 生命の種子が呼んだ者
☆概要☆
バニング隊との合流。
ケイム、アベルとの戦い。
☆イベント☆
ＧＰ－０１Ｆｂ（バニング）、ＧＰ－０３デンドロビウム（コウ）、ガンダムＦ９１（シーブック）、ビギナ・ギナ（セシリー）、ケンリュウ（ロム）、ブルージェット（ブルージェット）、ロッドドリル（ロッドドリル）、トリプルジム（トリプルジム）、ジンギマークⅡ（キナ）強制出撃
３ターン目開始時、フィールド左上にガンドール隊到着。ダンクーガ（忍）強制出撃。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド右に敵増援。
ケイムを倒すとフィールド左上に敵増援。
☆アドバイス☆
機体に足を引っ張らぎみのバニングが狙われやすいので突出させない。
早解きを目指すなら、ガンドール隊で飛行できるユニットは敵増援に備えて右に移動。
増援の方がかなり強い。
植物巨人・ギルギガンはお金持ち。
第Ｂ話 空虚な夢に生きる者
☆概要☆
万丈隊との合流。
シャピロとの戦い。
☆イベント☆
ダイダーン３（万丈）、ライディーン（洸）、ザンボット３（勝平）、アイザム・ザ・サード（シャザーラ）強制出撃。
３ターン目開始時、フィールド右にガンドール隊到着。ダンクーガ（忍）、アルトアイゼン（キョウスケ）強制出撃。
敵の数が一定以下になると、フィールド左・右に敵増援。
一定以上ダメージを与えるとシャピロ戦闘メカ（シャピロ）が撤退。
☆アドバイス☆
初期配置の味方だけだと戦力が小さいのでガンドール隊が着くまではやってくる敵だけを叩いているのが無難。
こちらのユニットが２体以上近づくと自爆するグザードは、自爆させずに倒したい。一体につき「幸運」がけで資金３００００。
第４話 白熱の終章
☆概要☆
植物惑星最終戦。
☆イベント☆
１０ターン以内に敵を全滅させないとゲームオーバー。
ガンドールが破壊されるとゲームオーバー。
ガンドール移動不能。
マジンガーＺorグレートマジンガー（甲児or鉄也）、グレンダイザー（デューク）、アフロダイＡorビューナスＡ（さやかorジュン）、ボスボロット（ボス）強制出撃。
２ターン目フィールド右にガンドール隊到着。グレートマジンガー（鉄也）強制出撃。
敵数が一定以下になるとフィールド左上・上・右上に敵増援。次の敵反撃終了時、フィールド左下に飛影登場。
☆アドバイス☆
グザードは自爆させずに倒したい。一体につき「幸運」がけで資金３００００。
余裕があればギルギガンも「幸運」を添えて。
シーン１終了と同時にグレートマジンガーチーム、ゲッターチーム、コンバトラーＶチーム、ライディーンチーム、ダイダーン３チーム、ダンガイオーチーム、０８小隊チーム、００８３チーム、ＺＺチーム、Ｆ９１チーム、オーラバトラーチーム、マシンロボチーム、クワトロ、葉月が戦線離脱
第Ｃ話 白騎士の心
☆概要☆
ザ・ブーム軍、アインスト系、エクレレンとの戦闘
☆イベント☆
アルトアイゼン（キョウスケ）強制出撃。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左下に敵増援。
５ターン目敵反撃開始時、フィールド左上に敵増援。
アインスト系がいない状態でキョウスケ→エクセレン説得でエクセレン撤退。
ＨＰが３０％以下になるとヴァイスリッターが撤退。
☆アドバイス☆
敵増援出現位置を予め把握しておけば早解き可能。ただし説得の為にキョウスケは必ずフィールド上方向に進めること。
第Ｄ話 復讐鬼ギル＝バーグ
☆概要☆
バンカー、キャンベル星人との戦い。
ダンガイオーチーム、コン･バトラーＶチームと合流
☆イベント☆
ダンガイオー（ロール）、アイザム・ザ・サード（シャザーラ）が強制出撃。
２～５ターン目開始時（ステージ選択順番で変化）、フィールド右にロンド・ベル隊到着。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左に敵増援。
４ターン目開始時、フィールド左上にコン・バトラーＶ（豹馬）の味方増援。
☆アドバイス☆
第１部、第２部と違い、ザコブラッディⅠの中にもブラッディⅡがいるので注意。
第Ｅ話 刻の涙の先に
☆概要☆
ティターンズ残党軍、ザ・ブーム軍との戦い。
クワトロと合流。
☆イベント☆
フォン・ブラウンに敵が侵入するとゲームオーバー。
Ｚガンダム（カミーユ）、黒獅子（ジョウ）、爆竜（マイク）、鳳雷鷹（レニー）が強制出撃。
２ターン目開始時、フィールド上に百式（クワトロ）の味方増援。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左下に敵増援。
ジョウとイルボラ間で戦闘が起こった後、スケルトン（イルボラ）がＨＰ５０％以下になると、ジョウ→イルボラで説得可能。
スケルトン（イルボラ）を倒すと、フィールド左下・右上に敵増援。
一定以上ダメージを与えると零影（イルボラ）が撤退。
☆アドバイス☆
敵増援は積極的にフォン・ブラウンに侵攻してくるのである程度の対策を。クワトロをフォン・ブラウン防衛に回すと楽。
スケルトンを早目に倒すのが早解きの鍵。
第Ｆ話 ブッチャー最期の日
☆概要☆
ガイゾックとの戦い。
☆イベント☆
ザンボット３（勝平）が強制出撃。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左下・左上に敵増援。
バンドック（ブッチャー）を倒すとバンドック頭部が出現。
バンドック頭部を倒すとザンボット３は戦線離脱。
☆アドバイス☆
ごり押しでＯＫ。
バンドック（頭部）は接近しなければ戦闘能力０。
第９話 燃える宇宙
☆概要☆
ガイゾック？との最終決戦。
アインスト系との戦い
☆イベント☆
ザンボット３（勝平）は強制出撃。
２ターン目開始時、フィールド左下にアルトアイゼン（キョウスケ）、マジンガーＺ（甲児）、ボスボロット（ボス）、グレンダイザー（デューク）、コン・バトラーＶ（豹馬）、ダンクーガ（忍）、ダンガイオー（ロール）、黒獅子（ジョウ）、爆竜（マイク）、鳳雷鷹（レニー）、百式（クワトロ）、メタス（ファ）の味方援軍。フィールド右に敵援軍。
ガイゾックを倒した次の敵反撃開始時、フィールド左上に敵増援。次のターンの始め、フィールド左に飛影登場。
☆アドバイス☆
ガイゾックとアインストレジセイアの２大ボスと連続して戦う厳しいステージ。しかもレジセイアはガイゾックを倒さないと登場せず、かつとても離れた場所で登場するため早解きを狙うには２部隊に分けて配置しなければならない（それでも１０ターン位はかかる）。
アルトアイゼン（キョウスケ）、コン・バトラーＶ（豹馬）、ザンボット３（勝平）、Ｚガンダム（カミーユ）、百式（クワトロ）、リ・ガズィ（アムロ）、メタス（ファ）、ギャプラン（ロザミア）、アイザム・ザ・サード（シャザーラ）を残して戦線離脱。
マリア、エマが参戦。ジオング、高機動型ザクを入手（第１部、第２部で入手している時のみ）。
第１０話 呪われしジャンヌ＝ダルク
☆概要☆
ＡＢ系との戦闘。
オーラバトラー隊（一部）と合流。
☆イベント☆
グランガラン（シーラ）、ボチューン×２（ニー、キーン）、ダンバイン（ショウ）は強制出撃。
３ターン目開始時、フィールド左下にアルトアイゼン（キョウスケ）、コン・バトラーＶ（豹馬）、ザンボット３（勝平）、Ｚガンダム（カミーユ）、百式（クワトロ）、リ・ガズィ（アムロ）、メタス（ファ）、ギャプラン（ロザミア）の味方増援。
レプラカーン（ジェリル）を倒すとハイパーレプラカーンが登場。
４ターン目敵反撃開始時、フィールド左上に敵増援。
ステージクリア後、持って無い場合はビルバインを入手。
ベル、エル（妖精）が仲間に
第Ｇ話 ラ・ムーの星
☆概要☆
妖魔帝国。ギャンドラーとの戦闘。
ライディーンチーム、ダンガイオーチーム、マシンロボチーム戦線復帰。
☆イベント☆
ライディーン（洸）、ブルーガー（神宮寺）、ダンガイオー（ロール）は強制出撃。
３ターン目開始時、フィールド左下にグラン・ガラン隊到着。
ライディーンで巨烈獣ゴースタン（激怒）をたおすと後に追加技入手のフラグが立つ。
巨烈獣ゴースタン（激怒）を倒すと妖魔帝国軍撤退。次の敵反撃開始時、フィールド右下に敵増援。同時にフィールド右下にケンリュウ（ロム）、ブルージェット（ブルージェット）、ロッドドリル（ロッドドリル）、トリプルジム（トリプルジム）、ジンギマークⅡ（キナ）の味方援軍。
☆アドバイス☆
難易度は高く無いがクリアにかなり時間がかかるステージ。
後半になるとほぼ確実に水中戦が繰り広げられることになるのでゲッター３がいると楽。いない場合はオーラバトラーを前面に押し出していくといい。
第Ｈ話 爵位を持つ者たち
☆概要☆
ミケーネ軍との戦い。
（ベガ軍との最終決戦）
マジンガーＺチーム、グレンダイザーチームと合流。
☆イベント☆
マジンガーＺ（甲児）、アフロダイＡ（さやか）、ボスボロット（ボス）、グレンダイザー（デューク）強制出撃。
飛行要塞グール（あしゅら男爵）にダメージを与えると、フィールド左に敵増援。同時にフィールド下にグランガラン隊到着。
敵全滅後、フィールド右下に敵増援（第２部でベガ大王を倒しているときのみ）。
選択ステージの３・４番目に選んでいるとステージクリア後、ロケットパンチが強化型ロケットパンチに変化。
☆アドバイス☆
マジンガーを強化しておけば難易度はそれほど高く無いので、早解きの為には多少無理してでもガンガン攻撃していく。
第Ｉ話 神の息吹
☆概要☆
ムゲ帝国軍・アインスト系との戦い。
ダンクーガチーム、飛影チーム、００８０チームと合流。
☆イベント☆
ダンクーガ（忍）、黒獅子（ジョウ）、爆竜、鳳雷鷹（レニー）、ケンプファーｏｒザク改（バーニィ）、ＮＴ－１アレックス（クリス）が強制出撃。
３ターン目敵反撃時、フィールド左下に敵増援。同時にフィールド右上にグランガラン隊到着。アルトアイゼン（キョウスケ）強制出撃。
５ターン目フィールド左上に飛影出現。
ダンクーガ・シャピロ間で戦闘が起こり、ダンクーガのＨＰが３０％以下かつシャピロが生きていると断空光牙剣。
一定以上ダメージを与えると偽ダンクーガ（シャピロ）が撤退。
☆アドバイス☆
初期配置の味方を不用意に下方向に進めると次々と増援のグザードの自爆に巻き込まれるので、味方増援の現れる右上に進めていくのがお勧め。
手っ取り早くクリアしたい場合は、回避値が高いか「ひらめき」「鉄壁」をかけたユニット複数をグザードを自爆させるといいが、グザード５体分の資金（「幸運」かけで１５００００）をあなたは無視できますか？
第Ｊ話 ゲッター線、その意味
☆概要☆
恐竜帝国・アインスト系・ゲシュペンスト・エクセレンとの戦い。
真ゲッター手に入る
☆イベント☆
ゲッタードラゴン（竜馬）、テキサスマック（ジャック）強制出撃。
２～５ターン目開始時（ステージ選択順番で変化）、フィールド右上にグラン・ガラン隊到着。アルトアイゼン（キョウスケ）強制出撃。同時にフィールド上・左下に敵増援。
アインスト系＋ゲシュペンストを全て倒すと、キョウスケ→エクセレンの説得コマンド出現。
一定以上ダメージでライン・ヴァイスリッター（エクセレン）が撤退。
早乙女研究所にアインスト系を進入させると、選択ステージ終了後に真ゲッターロボを入手。ただし同じにライン・ヴァイスリッター入手フラグを落としたことになる。
☆アドバイス☆
テキサスマックを逃がした上でゲッターを研究所上で持ちこたえさせ。味方増援後一気に押し返していく。
ビーム耐性を持つ敵が多いのでＭＳは若干不利。
説得の為にキョウスケはエクセレンのもとへ。
第１５話 きっとその手に勝利を掴め
☆概要☆
妖魔帝国と最終決戦。
☆イベント☆
ライディーン（洸）強制出撃。
激怒を倒すとフィールド中央・下に敵増援。
７ターン目開始時フィールド左上に飛影。
「ミ・レーヌの星」で追加技フラグを立てた上で豪雷・パラゴーンをライディーンで倒すと、ライディーンが「ゴッドバードへッドカッター」「ゴッドボイス」を修得。
☆アドバイス☆
飛行ユニットではないとかなり不利。
シーン３終了後、ゲッタードラゴン（竜馬）、テキサスマック（ジャック）、コンバトラーＶ（豹馬）、ダンクーガ（忍）が戦線離脱。
第Ｋ話 ミレーヌ再臨
☆概要☆
メガノイドとの戦闘
ダイダーン３チームと合流。
リムルとリィナが仲間に。
ガーベラ・テトラ入手。
☆イベント☆
ダイダーン３（ギャリソン）強制出撃。
敵数が一定以下になるとフィールド左・右に敵増援。
ベンメルが登場しかつ一番上のピラミッドに取り付くと、フィールド上に敵増援。その次の敵反撃開始ターン、フィールド上に敵増援。
ベンメル出現前に？フィールド一番右上のピラミッドにたどりつくと次の敵反撃開始時にガーベラ・テトラ入手。
ステージクリア後、ボチューン（リムル）、キュベレイＭｋⅡ（リィナ）が仲間に。
☆アドバイス☆
ガーベラ・テトラ入手イベントは割と落としやすいのでちゃんとチェックしておく。全ての場所をチェックしたわけではないので同じような方法で違う隠しユニット等が手に入るかも（このステージに限らず）。
いかに早くミレーネ（増援２回目）を出現させるかが早解きのポイント。
第Ｌ話 明日なき総力戦
☆概要☆
ミレーネ帝国との最終決戦。
グレートマジンガーチームと合流。
進め方によっては強化版ロケットパンチが手に入る？
☆イベント☆
グレートマジンガー（鉄也）、ビューナスＡ（ジュン）が強制出撃。
２～５ターン目開始時（ステージ選択順番で変化）、フィールド右下にロンド・ベル隊到着。マジンガーＺ（甲児）、グレンダイザー（デューク）強制出撃。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左上・左下・上・右上に敵増援。
３ターン目敵反激終了時、フィールド右上に飛影登場。
☆アドバイス☆
グレートとビューナスだけではさすがに厳しいので生き残ることを最優先に。
味方増援位置は海上なので、飛行ユニットや水陸両用ユニットの方がやや有利。
第Ｍ話 怨念を断つ剣
☆概要☆
ドレイク軍との戦い。
オーラバトラーチームと合流。
☆イベント☆
ボチューン（マーベル）、ビアレス×２（トッド、ガラリア）が強制出撃。
２ターン目開始時、フィールド左にロンド・ベル到着。ビルバイン（ショウ）が強制出撃。
３ターン目敵反撃開始時、フィールド左上に敵増援。
ガラバ（黒騎士）を倒すとハイパーガラバ登場。次の敵反撃開始時、フィールド左下、下、右下に敵増援。
ＨＰ３０％以下になると、ハイパーガラバ（黒騎士）が撤退。
☆アドバイス☆
敵の増援位置が分かっていればかなりの早解きが可能。
第Ｎ話 鬼面城の罠
☆概要☆
ゲッターチーム、コン・バトラーＶチーム、ダンクーガチームと合流。
キャンベル星人、アインストシリーズ、ゲシュペンスト、エクセレンとの戦い。
エクセレン説得３回目。
☆イベント☆
ゲッタードラゴン（竜馬）、テキサスマック（ジャック）、コンバトラーＶ（豹馬）、ダンクーガ（忍）が強制出撃。
４ターン目敵反撃開始時、フィールド左上・右上・上に敵増援。同時にフィールド右にガンドール隊到着。アルトアイゼン（キョウスケ）が強制出撃。
キョウスケ→エクセレンで説得可能。
一定以上ダメージを受けるとライン・ヴァイスリッター（エクセレン）が撤退。
ブランブル（ワルキメデス）を倒すと、ブランブル（ダンゲル）が撤退。もしくはその逆もあり。
ダンゲルをワルキメデスより先に倒すとダンゲル戦死イベント発生。「決着、そして新たなる謎」で出現しなくなる。
☆アドバイス☆
飛行ユニットでないと話になら無いステージ。またＩフィールドを持つ敵の存在を考えるとやはりオーラバトラーや必中を持つスーパーロボットの出番か？
第２０話 海と大地を貫いたとき
☆概要☆
ドレイク軍との最終決戦。
アインストシリーズ、ゲシュペンスト、エクセレンとの戦い。
サーバイン入手。
☆イベント☆
アルトアイゼン（キョウスケ）、ビルバイン（ショウ）強制出撃。
敵数が一定以下になるとフィールド左上に敵増援。
ズワウス（黒騎士）を倒すとフィールド左下に敵増援。次の敵反撃終了時、フィールド上に飛影登場。
アインストレジセイアを倒すとライン・ヴァイスリッター（エクセレン）が撤退。（←このイベントは重要）
ステージクリア後、第１部でバインストウェルルートを通った場合はズワウス、さもなくばサーバイン（シルキィ）を入手。
☆アドバイス☆
精神ポイントはいくらあっても足りないくらいなので節約して使うこと。
ドレイク軍＋は「強気」「聖戦士１レベル」。オーラ斬りもかましてくるので注意。
ウィル・ウィプス（ドレイク）はとても堅い上「超強気」。ちょっと無理してでも早目に叩いておくと後が楽。
アインストレジセイア対策に「かく乱」が欲しいところ。
エクセレンを仲間にしたい人は彼女を倒すのではなく撤退させておくべきかと・・。
シーン４終了後、νガンダム入手、アルトアイゼン→アルトアイゼン・リーゼにパワーアップ（改造は引き継ぐ）、グランガラン（シーラ）が戦線離脱しエルシャンク（ロミナ）が仲間に。チェーンが仲間に。
第Ｏ話 悲しみの欠片
☆概要☆
クロスボーン・バンカード軍との戦闘。
Ｆ９１チーム、０８小隊チームと合流。
☆イベント☆
ガンダムＦ９１（シーブック）、ビギナ・ギナ（セシリー）、Ｅｚ－８（シロー）、アプサラス（アイナ）、グフカスタム（ノリス）強制出撃。
２～５ターン目（ステージ選択順番で変化）、フィールド左上にロンド・ベル到着。
敵を全滅させると、フィールド右・右下・下に敵増援。次のターン、フィールド左下に敵増援（第１部でギニアスが生きていたら）。
☆アドバイス☆
パーツを着けてないと話になら無いＥｚ－８（シロー）を下がらせ援護防御のためにアプサラス（アイナ）を隣接させておく。
バグが射程１の武器しか持って無いので離れた所から攻撃。
味方増援後は問題無くクリアできる。
第Ｐ話 決着、そして新たなる謎
☆概要☆
キャンベル星人戦終結。
ギャンドラーとの戦闘。
☆イベント☆
コン・バトラーＶ（豹馬）強制出撃。
ジャネラを倒すと、フィールド左・左上・右・右上に敵増援。
ガルディ（ガルディ）を倒すとマシンロボチームが戦線離脱。
☆アドバイス☆
ここでマシンロボチームが抜けてしまうのでこのステージを選ぶのは後回しにするべきかも。
第Ｑ話 ジオンの残光
☆概要☆
ジオン残党軍との最終決戦。
００８３チームと合流。
ガトーの説得。
☆イベント☆
「宇宙の道標」を先のプレーしているか否かで敵初期配置が変化。
ＧＰ－０３デンドロビウム（コウ）、ＧＰ－０１Ｆｂ（バニング）
３ターン目開始時（「宇宙の道標」を先にクリアた場合は２ターン目）、フィールド右上にロンド・ベル到着。フィールド右・右上に敵増援。
敵が一定数以下になるとフィールド右・右上に敵増援（グレミーが生き残っていれば？）。
クワトロ→ガトーで説得。その後「宇宙の道標」を先にクリアしている場合は１ターン以上経過した後コウ→ガトーで説得でガトーが仲間に。
☆アドバイス☆
第Ｒ話 宇宙の道標
☆概要☆
ネオ・ジオン軍との最終決戦。
ＺＺチームと合流
☆イベント☆
ＺＺガンダム（ジュドー）、スーパーガンダム（ルー）、ガンダムＭｋⅡ（エル）、ドーベンウルフ（プル）強制出撃。
１０ターン以内にクリアしないとゲームオーバー。
２ターン目開始時（「ジオンの残光」を先にクリアした場合は４ターン目）、フィールド左下にロンド・ベル到着。同時にフィールド右上に敵増援。
５ターン目敵反撃開始時、フィールド左上に敵増援。
５ターン目敵反撃終了時、フィールド左に飛影登場。
☆アドバイス☆
初期配置ではガンダムＭｋⅡを下がらせ残りの３体で陣形を組み援護を最大限つかって間を持たせる。
テキパキとやっていけば１０ターンもかけずクリアできる。
第Ｓ話 「かつて」の意味
☆概要☆
アインスト系、ゲシュペンストとの戦い。
エクセレン、カンバック！
☆イベント☆
エルシャンク（ロミナ）、アルトアイゼン・リーゼ（キョウスケ）強制出撃。
エルシャンク（ロミナ）、両主人公機が落とされるとゲームオーバー。
２ターン目敵反撃開始以降で、ライン・ヴァイスリッター（エクセレン）からアルトアイゼン・リーゼ（キョウスケ）へ攻撃を受け、さらにその後キョウスケでエクセレンを攻撃するとエクセレンが仲間に。この時、このれまに説得・撤退フラグを立て真ゲッターが手に入っていない場合のみ、ヴァイスリッターではなくライン・ヴァイスリッターが手に入る。同時にエルシャンクから他の機体が出撃可能になる。
敵数が一定以下になるとフィールド左に敵増援。
☆アドバイス☆
エクセレンが説得可能になるまではアルトアイゼン・リーゼをライン・ヴァイスリッターから６～７マス離れておくと、ビームコーティングが活かせて割と楽に持ちこたえられる。
増援のレジセイア対策にフィールド左方には強力なユニットを派遣。
第２６話 マーズ・アタック
☆概要☆
メガノイド、ザ・ブーム軍との最終決戦。
ＧＰ－０２サイサリス入手なるか
ジョウと飛影の融合。
イルボラ、シャムルが説得可能？
☆イベント☆
ダイダーン３（万丈）が強制出撃。
敵数が一定以下になるとフィールド左下に敵増援。
コロス（コロス）を倒すとフィールド左上・右下に敵増援。同時にフィールド右上に飛影登場、ジョウとの融合イベント発生。
次の敵反撃開始時に、フィールド中央に敵増援。
第１部で雪山イベントを起こしている状態で、ＧＰ－０２サイサリス（人工知能＋）をシローで倒すと、ステージクリア後ＧＰ－０２サイサリスを入手。
ジョウとイルボラ間で戦闘が起こるとイベント発生。「刻の涙の先に」でイルボラを説得していた場合、その後シャムル撃破後にロミナ（エルシャンク）→イルボラ（零影）で説得後、ジョウでイルボラを倒すと、ステージクリア後にイルボラが仲間に。
☆アドバイス☆
ＧＰ－０２に乗っている人工知能＋は「強気」、アトミックバズーカに注意。
後半次々に金持ちユニットが登場。
シーン５終了後ダンガイオーは戦線離脱。
第Ｔ話 誠実な心が導く答え
☆概要☆
バンカーとの最終決戦。
ダンガイオーチーム復帰。
☆イベント☆
ダンガイオー（ロール）強制出撃。
１２ターン以内にクリアしないとゲームオーバー。
２ターン目、フィールド左下にロンド・ベル到着。
敵数が一定以下になるとフィールド右上に敵増援。
☆アドバイス☆
ダンガイオーだけでは厳しいので最初はロンド・ベルをおとなしく待っておく。
ギルギア（ギル）はレジセイアクラスの別キャラへと変貌しておりさらに２回行動。「鉄壁」は意味をなさず「ひらめき」をかけておかないと完全回避は難しい・・。
ガリモス大船長（ガリモス）には体力回復大を所有。
第Ｕ話 マシンロボ・炎
☆概要☆
ギャンドラーとの最終決戦。
マシンロボチーム復帰。
☆イベント☆
ブルージェット（ブルージェット）、ロッドドリル（ロッドドリル）、トリプルジム（トリプルジム）が強制出撃。
２～４ターン目開始時（ステージ選択順番で変化）、フィールド右上にライン・バイスリッター（エクセレン）、ビルバイン（ショウ）、ダイダーン３（万丈）、マジンガーＺ（甲児）、ゲッタードラゴン（竜馬）、ラーディーン（洸）、Ｅｚ－８（シロー）、ＺＺガンダム（ジュドー）、Ｆ９１（シーブック）の味方増援。
敵数が一定以下になるとフィールド左上・左・左下に敵の増援。
ガルディ（ガルディ）に一定以上ダメージを与えるとフィールド左下に敵増援。同時にフィールド右でロム（ロム）が合流。
☆アドバイス☆
出撃させるユニットがまったく選べない為、これまでの改造の仕方によっては涙が出るようなステージ。
第Ｖ話 失われた者たちへの鎮魂歌
☆概要☆
ムゲ帝国との最終決戦。
アインスト系、ゲシュペンストとの戦い。
☆イベント☆
ダンクーガ（忍）、アルトアイゼン・リーゼ（キョウスケ）、ライン・ヴァイスリッター（エクセレン）強制出撃。
偽ダンクーガ（シャピロ）を倒すとフィールド左上に敵増援。同時にムゲ探しイベント発生。ダンクーガが中央付近の岩に取り付くかアインストレジセイアを倒すと、次の敵反撃開始時にフィールド中央に敵増援。
☆アドバイス☆
早解きを狙わないならば２回目の増援は遅めに出現させるべき。
第３０話 そして決戦の銀河で
☆概要☆
一応、最終決戦！
☆イベント☆
アルトアイゼン・リーゼ（キョウスケ）、ライン・ヴァイスリッター（エクセレン）強制出撃。
敵数が一定以下になるとフィールド左上・中央・右下に敵増援。
アインストレジセイア２体を倒すとフィールド左下に敵増援。
ノイ・レジセイアを倒すとクリア。
☆イベント☆
敵の攻撃力が凄まじいので攻撃を回避することを前提で戦略を組み立てていく。
敵増援イベントはプレーヤーターンに起こすのが無難。
マシンロボチーム、ダインガイオーチーム、飛影チーム、クワトロ、ガトー、戦線離脱。ラー・カイラム戦線復帰。
ここからは第１部から引き継いで、ここまでが７７７ターン以下の場合のみのボーナスステージ。
最終話 メビウスの宇宙を越えて
☆概要☆
逆襲のシャアの話。
☆イベント☆
νガンダム（アムロ）強制出撃。
１０ターン以内にクリアし無いとゲームオーバー。
サザビーを倒すとクリア。
ガトーを一度仲間にしていると敵にノイエ・ジール（ガトー）が加わる。
敵数が一定以下になるとフィールド右上に敵増援。その次の敵反撃開始時、フィールド右上に敵増援。同時にフィールド右上にケンリュウ（ロム）、ダンガイオー（ロール）、飛影（ジョウ）、鳳雷鷹（レニー）の味方増援。
シャア、アムロ間で戦闘が起こるとイベント発生。
☆アドバイス☆
相変わらずザコでも敵の攻撃力が極めて高し。回避するを前提で戦略を組み立てていく。